... l faut rediriger votre page d'accueil vers la racine du site. Par exemple :
www.exemple.fr/index.php vers www.exemple.fr/

Mais attention, on ne peut pas utiliser htaccess (cela pourrait provoquer une boucle ou un conflit avec la configuration de votre serveur d'hébergement.

La parade consiste à ajouter un test au début de votre page d'accueil. Si la page a été appelée depuis index.php, alors elle redirige automatiquement vers la racine :


if(eregi('index.(html|php)', $_SERVER['REQUEST_URI']) ) {
header ('HTTP/1.1 301 Moved Permanently');
header('Location: http://www.exemple.fr/');
die();
}

(Source : WRI)


La dernière étape consiste à faire la chasse aux liens sur votre site : Faites pointer vers la racine tous les liens pointant actuellement vers index.php
Pour cette étape, utilisez Google Webmasters Tools, ou un logiciel comme Xenu.